Berdiri pada tahun 2001, waktu itu masih Program Pendidikan Dokter. Untuk tepatnya adalah pada tanggal 1 Maret 2001 dan disyahkan pada tanggal 25 September 2001 dengan dasar : Surat Dirjen Dikti Depdiknas Nomor 3081/D/T/2001 pada tanggal 25 September 2001 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Pendidikan Dokter Unsoed.
Dalam Perkembangannya akhirnya Program Pendidikan Dokter Unsoed ber-transformasi menjadi Jurusan Kedokteran yang tergabung dalam Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman.